პირველი რუსი მეფე, რომელიც არა რურიკების ოჯახიდან, ბორის გოდუნოვი გარდაიცვალა 53 წლის ასაკში, 1605 წლის 13 აპრილს. მისი სიკვდილი საიდუმლოებებით არის მოცული და დღემდე ისტორიკოსები კამათობენ იმაზე, იყო თუ არა მისი სიკვდილი ბუნებრივი ან ძალადობრივი.
ქრონიკის დოკუმენტებში მითითებულია, რომ მისი გარდაცვალების დღეს გოდუნოვი ჯანმრთელად გამოიყურებოდა, დიდი მადის სადილობდა და კოშკზე ავიდა, საიდანაც მოსკოვის გამოკვლევა უყვარდა. შემდეგ იგი დაეცა მისგან, ავადმყოფი. მეფესთან გამოძახებულმა ექიმმა ვერაფერი მოახერხა, მეფემ ყურიდან და ცხვირიდან სისხლი ამოიღო, მალე გოდუნოვი წავიდა.
როგორც ინგლისის ელჩის ტომას სმიტის ერთ-ერთმა წარმომადგენელმა დაწერა, რომელიც იმ დროს რუსი ავტოკრატის კარზე იმყოფებოდა, მეფემ გულისრევისა და ტკივილის გარდა, მუწუკმაც იგრძნო და ექიმის მოსვლამდე გარდაიცვალა.
ბორის გოდუნოვის მოულოდნელი გარდაცვალება, კუჭის ტკივილები საფუძველს იძლევა ეჭვი შეიტანოს მეფის მოწამვლის შესახებ. მისი სიკვდილი, პირველ რიგში, ცუდი დიმიტრი I- ის მიმდევრებისთვის იყო სასარგებლო, რომლის ჯარებიც იმ დროს მოსკოვს უახლოვდებოდნენ.
ხალხში ასევე გავრცელდა ჭორი, რომ მეფე მოიწამლა სასოწარკვეთაში, რაც გამოწვეული იყო ხალხში მისი არაპოპულარულობით, ქვეყანაში შიმშილით და პოლონელების მიერ ოკუპაციით.
იცოდა ბორის ხასიათი, მისი ხასიათი, უმაღლესი ძალაუფლების სურვილი, რისთვისაც იგი მზად იყო ყველაფრისთვის (მას ბრალი დასდეს ივანე საშინელის მოწამვლაში, ცარევიჩ დიმიტრის მკვლელობაში, ივანე IV- ის ძის მკვლელობაში) და რასაც მან მიაღწია რუსეთის ფაქტო მმართველი ფედორ ივანოვიჩის მმართველობით, შეგიძლიათ ეჭვი შეიტანოთ გოდუნოვის თვითმკვლელობის ვერსიაში. რუსი ხალხი, მისი აზრი მეფის შესახებ, დიდი ალბათობით, გულგრილი იყო ავტოკრატის მიმართ. პოლონელების წინსვლა მთელი ქვეყნის მასშტაბით ვერ აშინებს მეფეს, რადგან რუსეთის ისტორიაში კიდევ უფრო უარესი პერიოდები იყო, გავიხსენოთ, მაგალითად, მონღოლ-თათრების შეჭრა რუსეთში.
არ უნდა დაგვავიწყდეს, რომ ბოლო პერიოდში გოდუნოვი ხშირად ცუდად იყო და მისი სიკვდილი შეიძლება ყოფილიყო ავტოკრატის ხანგრძლივი ავადმყოფობის შედეგი.
